Aunque hubo incursiones anteriores (año 276), las invasiones de suevos, alanos y vándalos se producen en el 409, cuando el emperador Honorio envió una carta a sus milicias de la “urbs pampilonensis” dándoles ánimos, aunque de poco les sirvieron pues abandonaron la ciudad ante el empuje de los bárbaros.
Son los siglos oscuros y se interpreta de manera dispar si los visigodos se establecieron con permanencia o no en la ciudad. Es célebre el “domuit vascones” que se trataba del lema que adoptaron uno tras otro los reyes godos, lo que para unos prueba que nunca llegaron a someter el territorio aunque se jactasen de ello, mientras para otros es una mera anécdota sin base documental. El contrapunto lo proporciona el documento “De laude Pampilone epistola” (S. VII), que elogia la ciuad y añade “que no sirve a los herejes, resiste contra los vascones”.
No fue una ocupación tranquila y consta la toma de Pamplona por Eurico (466), por Childeberto I (511), por Clotario I (561) y por Wamba (672-680) quien llamó Wambilonia a Pamplona. Resulta muy significativo que incluso al producirse la invasión islámica de la península en el año 711, el rey Rodrigo estaba otra vez asediando Pamplona.
Tampoco los datos existentes sobre los obispos de Pamplona nos aporta claridad respecto al dominio visigodo sobre Pamplona, pues consta cómo establecieron sede episcopal en el siglo VI pero la asistencia de los obispos pamploneses en los Concilios de Toledo es escasa y muy intermitente: la primera referencia es Liliolo en el 589 y en 592; una cita dudosa sitúa al obispo Juan en el 610; y no aparecen de nuevo hasta el 683 con el diacono Unicomalo en nombre de Atilano y en nombre de Marciano en el 693.
Debemos interpretar tanta contradicción como tal, Pamplona se hallaba en el límite del reino visigodo con el territorio controlado por los vascones y la ciudad fue codiciada, atacada, rendida y vuelta a tomar por vascones y visigodos de modo reiterado a lo largo de estos siglos.